С 2004 года Фонд поддерживает проведение археологических раскопок крупнейшего памятника античной эпохи на территории России – города Фанагория, расположенного на берегу Таманского залива. Впечатляющие по масштабам работы ведутся на территории городского акрополя, некрополя (включая самый большой на Тамани курган – Боюр-гора), в акватории затопленной части памятника, а также на территории окружавших город усадеб. Всего за период с 2004 по 2014 гг. общая площадь раскопок превысила 8 000 кв.м.

Уникальность экспедиции заключается в её комплексном характере – в её составе работают учёные антропологи, палеозоологи, палеоботаники, палеогеографы, подводные археологи, специалисты других научных профилей - учёные из Института археологии РАН, Института географии РАН, Института проблем экологии и эволюции РАН, Южного научного центра РАН, МГУ им. Ломоносова, преподаватели, аспиранты и студенты из университетов России, Германии, Польши – ежегодно около 200–250 человек.

Археологическими сенсациями стали открытие дворца царя Митридата VI Евпатора, затопленных сооружений античного порта, каменного склепа с уступчатым перекрытием, находки кладов уникальных монет (включая самые древние и большие из найденных на территории России), остатков жилых и хозяйственных построек 6 века до н.э., системы грабительских ходов и склепа кургана Боюр-гора, а также целого ряда эпиграфических находок, сохранивших имена исторических лиц – царя Аспурга, царя Савромата П, Митридата У1 Евпатора – и неизвестные подробности истории Боспорского государства.

Главной находкой 2012 года стал затонувший древний корабль длиной в 15 м, с хорошо сохранившимися деревянными элементами – предположительно галера, датируемая первыми веками нашей эры. Это древнейший из подобных объектов, обнаруженных в России. В этом же году журналистам впервые были представлены два больших клада - крупнейший из известных боспорских кладов (около 8 тыс. монет) и самый большой клад позднебоспорской эпохи (около 4 тыс. монет).

Научный отчёт о работе экспедиции неоднократно признавался ИА Академией Наук лучшим отчётом по античной археологии в России.

По итогам 2009 года, найденные при раскопках Фанагории остатки дворца царя Митридата Евпатора включены журналом Американского археологического института «Археология» в “Top-10” находок мировой археологии.

Более подробно о ходе археологической экспедиции - http://phanagoria.info/